甲基化转化率计算

如何计算甲基化转化率？

BS转化后需要加入一段已知lambdaDNA序列。
比较sam文件中CT转换情况和lambdaDNA的ref原始碱基进行比较。

工具：MethylExtractBSCR.pl

1. 下载链接：https://bioinfo2.ugr.es/MethylExtract/

2. 工具参数：

perl MethylExtractBSCR.pl
seqFile = <sequence file>
inFile = <alignments input file>
flagW = <Watson FLAGs>
flagC = <Crick FLAGs>

3. 单端测序：
   0代表单端测序，16代表这个序列比对到参考序列的负链上。
   MethylExtractBSCR.pl seqFile=lambdaDNA.fa inFile=input.lambda.sam flagW=0 flagC=16

4. 双端测序：
   99代表双端测序、和参考序列完全匹配、比对到正链、first in pair
   147代表双端测序、和参考序列完全匹配、比对到负链、second in pair
   83代表双端测序、和参考序列完全匹配、比对到负链、first in pair
   163代表双端测序、和参考序列完全匹配、比对到正链、second in pair
   MethylExtractBSCR.pl seqFile=lambdaDNA.fa inFile=input.lambda.sam flagW=99,147 flagC=83,163

统计方法：二项分布和FDR校正

分析用文件：bismark_cov

在转化率为A的基础上，N个reads中被检测到X个甲基化reads是否可靠。需要用二项分布来证明，FDR来校正。

p = binom.test(x,N,A)$p.value
fdr = p.adjust(p,"fdr")

FDR校正后，只保留FDR<0.01的甲基化位点。再过滤read数目<5的位点。

最后

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